111年度上字第569號
上 訴 人 臺南市政府水利局
鄭猷耀 律師
許照生 律師
代 表 人 林志燦
訴訟代理人 蕭偉松 律師
陳毓芬 律師
上列
當事人間水土保持法事件，上訴人對於中華民國111年5月11日高雄高等行政法院109年度訴字第284號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文
原判決除確定部分外廢棄，發回高雄高等行政法院高等
行政訴訟庭。
理 由
一、爭訟概要：
㈠
緣行政院於民國90年1月17日
核定「全國事業廢棄物管制清理方案」，成立特殊事業廢棄物處理小組，由經濟部負責召集、協調規劃設置事業廢棄物處理及處置設施。經濟部
乃擬具「全國整體性特殊事業廢棄物清理計畫」，籌設特殊事業廢棄物應變貯存設施及北、中、南區特殊事業廢棄物綜合處理中心，於行政院國軍退除役官兵輔導委員會（下稱退輔會）所屬龍崎工廠（下稱龍崎工廠）輔導設置「南區（龍崎廠）事業廢棄物綜合處理中心」（下稱龍崎開發案或南區處理中心），由龍崎工廠與榮民工程股份有限公司（下稱榮工公司）擬具
「南區（龍崎廠）事業廢棄物綜合處理中心興辦事業計畫書」（修正本A版）（下稱前興辦計畫書）送請經濟部審查，經經濟部於93年3月2日同意核備，並於95年6月2日核發輔導設置文件。其後，退輔會為執行政府公營事業民營化政策，辦理龍崎工廠以資產作價與人民合資成立民營公司即被上訴人，由被上訴人概括
承受龍崎工廠之權利義務後，修訂興辦計畫書（3A版）（下稱修訂興辦計畫書）並送請經濟部審核，由經濟部於98年7月29日發函表示原則同意，經濟部並於99年2月10日核發變更後之輔導設置文件予被上訴人及榮工公司。
㈡
被上訴人擬具「臺南縣龍崎鄉番社段56-4等58筆地號南區（龍崎廠）事業廢棄物綜合處理中心開發興建工程水土保持計畫」（下稱系爭水保計畫），經改制前臺南縣政府於99年6月10日核定，並於99年9月14日核發系爭水保計畫第1期設場階段之水土保持施工許可證，預定完工期限為100年9月6日。被上訴人於該施工許可證逾期繳回後，復申經臺南市政府於103年10月6日核發系爭水保計畫第1期設場階段之水土保持施工許可證，預定完工期限為103年10月15日，亦因期限屆至未完工而繳回。其後，經濟部因榮工公司退出龍崎開發案，於104年5月12日核發變更後輔導設置文件（下稱104年輔導設置文件）予被上訴人，惟嗣後考量臺南市政府尚未重新核發水土保持施工許可證，可能不及於106年5月屆期前完成設置，復以106年3月10日經工字第10602603090號函（下稱106年3月10日函），另對被上訴人核發變更輔導設置文件，並說明被上訴人應自發文次日起2年內完成設置，及104年輔導設置文件自發文次日起停止適用。 ㈢
被上訴人於106年5月15日依行為時水土保持計畫審核監督辦法（103年12月25日修正，下稱審監辦法）第22條規定，重新向上訴人申請系爭水保計畫之施工許可證，經臺南市政府於106年12月21日核發系爭水保計畫第1期㈠之水土保持施工許可證（下稱106年許可證），核定系爭水保計畫第1期部分施工項目及預定完工期限為自申報復工日起90日，且敘明：其餘非防災及維護所需水土保持設施及建築、污水工程之施工許可，將配合行政院後續政策指示辦理。被上訴人就106年許可證核定施工許可項目不服，提起訴願，經改制前行政院農業委員會（現改制為農業部，下稱農委會）以107年12月3日農訴字第1070727682號訴願決定：「關於被上訴人申請系爭水保計畫第1期水土保持施工許可證項目，經原處分機關駁回之部分撤銷，由原處分機關於2個月內另為適法之處分。」臺南市政府於107年12月14日重新核發系爭水保計畫第1期設場階段水土保持設施之水土保持施工許可證，並核定預定完工期限為108年3月10日（下稱107年許可證）。被上訴人就107年許可證核定之預定完工期限不服，提起訴願，經農委會以108年9月12日農訴字第1080707278號訴願決定：「原處分關於原處分機關核定之預定完工期限部分撤銷，由原處分機關於2個月內另為適法之處分。」嗣上訴人以108年10月24日南市水保字第1081079333號函（下稱系爭函）通知被上訴人：經濟部106年3月10日函同意之輔導設置期限為發文次日起2年，已於108年3月10日屆至，系爭水保計畫及107年許可證即一併失效等語，並未核發水土保持施工許可證予被上訴人。被上訴人不服，循序提起行政訴訟，以上訴人及臺南市政府為被告，聲明：㈠訴願決定及系爭函均撤銷。㈡臺南市政府或上訴人應就被上訴人於106年5月15日所為之申請，依系爭水保計畫（第1期）核發具備完整之施工範圍及完工期限（360天）之水土保持施工許可證予被上訴人。
經高雄高等行政法院（下稱原審）109年度訴字第284號判決（下稱原判決）：一、訴願決定及原處分（系爭函）均撤銷。二、上訴人就被上訴人於106年5月15日所為之申請，應依原判決之
法律見解另為適法之處分。三、被上訴人其餘之訴駁回。上訴人對其敗訴部分不服，遂提起本件上訴，
並聲明：㈠原判決關於不利於上訴人之部分廢棄。㈡
上開廢棄部分，被上訴人第一審之訴駁回（被上訴人未就原判決駁回其對臺南市政府之起訴部分提起上訴，該部分
業已確定）。
二、被上訴人起訴主張、上訴人於原審之答辯及聲明，均引用原判決
所載。
三、原審撤銷訴願決定及系爭函，命上訴人就被上訴人106年5月15日之申請案，應依原判決之法律見解另為適法之處分，並駁回被上訴人其餘之訴，係以：
㈠系爭
函實質上確有否准被上訴人申請核發水土保持施工許可證之意思表示，參以臺南市政府及上訴人均稱其基於團體管轄權限，已將水土保持施工許可證之處分權限透過臺南市政府組織自治條例、水利局組織規程及水利局分層負責明細表（甲表）等規定授予上訴人，是系爭函對被上訴人法律上之權利義務自產生規制作用，應屬行政處分，被上訴人對該函不服，循序提起課予義務訴訟，程序上並無不合。上訴人辯稱系爭函純係就經濟部106年3月10日函核發之輔導設置文件已屆期失效，被上訴人復未於規定期限內申報開工及完工，依審監辦法第31條之1第3、4款規定，臺南市政府於99年6月10日核定之系爭水保計畫及107年許可證均併失其效力之事實通知被上訴人，屬觀念通知，並非行政處分云云，要非可採。 ㈡水土保持法第2條僅扼要規定該法之中央及地方
主管機關，性質上應屬自治事項之賦予，非層級管轄條款。另
參諸臺南市政府組織自治條例第11條、上訴人組織規程第3、11條及上訴人分層負責明細表（甲表）等組織法規定，足見臺南市政府基於地方政府之自主組織權及團體管轄權限，已將臺南市轄內關於山坡地水土保持管理及宣導等相關事務，劃歸其所屬一級機關即上訴人管轄，
堪認上訴人有核發系爭水保計畫水土保持施工許可證之事務管轄權限，臺南市政府就該等事務僅保留監督權，無權自行處理。臺南市政府就被上訴人106年5月15日之申請，先後於106年12月21日及107年12月14日以自己名義核發106年、107年許可證予被上訴人，雖有事務管轄錯誤之違法瑕疵，然因其為上訴人之上級機關，並有水土保持法第2條明文規定，就客觀
第三人而言，該瑕疵尚未達重大明顯而應宣告無效之程度，況106年、107年許可證均經訴願決定撤銷，理應由上訴人重新就被上訴人106年5月15日之申請作成准否之決定。被上訴人主張臺南市政府始為有權處分機關，不足採取。
㈢
審監辦法第22條第1項所稱目的事業主管機關核准開發或利用許可文件，應為興辦計畫書，並包含經濟部106年3月10日函核發之輔導設置文件： ⒈
水土保持義務人需先取得水土保持主管機關核發之水土保持計畫，再向同一主管機關申請施工許可，始得開工。水土保持主管機關依審監辦法第6條規定，審核應否核發水土保持計畫時，既要求目的事業主管機關提送其已許可水土保持義務人開發之申請文件，其後續依審監辦法第22條規定審查水土保持義務人提送之目的事業主管機關核准開發或利用許可文件，就不可能異於前揭水土保持計畫審核時所提送目的事業主管機關許可開發之申請文件，除非目的事業主管機關之開發許可業經撤銷或廢止，致前程序核發之水土保持計畫依審監辦法第31條之1第4款規定併同失其效力，否則水土保持義務人向主管機關申請核發水土保持施工許可證時，不可能另行提送與水土保持計畫核定時相左之目的事業主管機關開發許可，主管機關更不得要求水土保持義務人提送與水土保持計畫審核時無關之開發許可，作為核發水土保持施工許可證之前提要件。 ⒉
依行政院核定之「全國整體性特殊事業廢棄物清理計畫」、經濟部工業局（下稱工業局）將系爭水保計畫送臺南市政府審查之98年8月5日工永字第9800649820號函（下稱98年8月5日函），及臺南市政府於103年10月6日核定之水土保持施工許可證等文件，足見工業局始為龍崎開發案依水土保持法第5條、審監辦法第6條等規定所稱目的事業主管機關，經濟部僅單純為「經濟部輔導設置事業廢棄物清除處理設施管理辦法」（下稱輔導設置辦法）之主管機關。其次，工業局以98年8月5日函提送、經臺南市政府於99年6月10日核定之系爭水保計畫，明確記載經濟部核定之修訂興辦計畫書，始為審監辦法第6條第1項第1款所稱目的事業主管機關許可開發申請文件，至經濟部依輔導設置辦法核發之輔導設置文件，必先已通過興辦計畫書後始行核發，且只要興辦計畫書內容有所變更或執行該工程之開發單位有更迭，經濟部即重新製發新輔導設置文件，足見經濟部係遵循興辦計畫書之核定及變更狀況，據以核發輔導設置文件，其性質僅屬興辦計畫書之附隨文件。今修訂興辦計畫書既仍有效存在，且未經有權機關撤銷或廢止，經濟部針對修訂興辦計畫書最近一次以106年3月10日函核發之輔導設置文件仍持續生效（該函雖記載被上訴人應於發文次日起2年內完成龍崎開發案之設置，然經濟部未經廢棄物清理法授權得對輔導設置文件限定開發期限，則該開發期限之註記性質上僅係訓示規範），被上訴人於106年5月15日申請系爭水保計畫之施工許可事件，依審監辦法第22條第1項第1款規定應提出之「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」，即係指現仍有效之經濟部於98年7月29日同意、經工業局審核通過之修訂興辦計畫書，並包含經濟部106年3月10日核發之輔導設置文件，此不因上訴人於被上訴人歷次申請水土保持施工許可證時僅要求提出經濟部核發之輔導設置文件，即當然排除經核定之修訂興辦計畫書；至其依審監辦法第22條第1項第2款規定所指水土保持計畫核定本，即係改制前臺南縣政府99年6月10日函核定之系爭水保計畫，且不發生已依審監辦法第31條之1第4款規定失其效力之情事。上訴人辯稱經濟部核發之輔導設置文件始為審監辦法第22條第1項第1款所示目的事業主管機關核准開發或利用許可文件，興辦計畫書僅為非都市土地使用管制規則辦理土地使用分區變更申請開發許可所需之目的事業主管機關核准興辦事業計畫文件，與目的事業主管機關之開發許可無涉，上開輔導設置文件於108年3月10日期限屆至而失其效力，被上訴人106年5月15日之申請，自不具備審監辦法第22條第1項第1、2款要求之許可文件云云，洵不足採。 ㈣被
上訴人自100年9月6日至107年12月14日領得系爭水保計畫施工許可證後，或因居民、環保團體之抗爭，或因水土保持主管機關不同意開工、故意核發過短期限或限縮系爭水保計畫之施工許可，甚或以將委託第三公正單位再行評估或系爭水保計畫用地將指定為自然地景為由，屢屢命施工中之被上訴人停工，致被上訴人僅曾於106年12月至107年1月間、107年12月至108年1月間短暫施工，施工項目主要為施工便道開設、B-2滯洪沉沙池開挖、施工安全管制、測量及放樣等臨時性防災設施，系爭水保計畫之監造單位森山工程顧問有限公司並稱被上訴人未完成任何工項，且被上訴人自臺南市政府命於108年1月25日停工後，迄今已逾2年，現地狀況因降雨及沖蝕而有不同，後續如復工，系爭水保計畫所列工程皆需重新施作，參以臺南市政府代表人亦向附近居民表達反對該開發案興建之立場，並承諾將盡一切手段阻止被上訴人之開發行為，足見被上訴人雖曾取得系爭水保計畫之施工許可，但有明顯違法瑕疵，且被上訴人對於未能申報開工（含復工）或未能於期限內完工，均屬不可歸責，並無該當審監辦法第31條之1各款情事。詎上訴人不思如何與目的事業主管機關協商有無情事變更而須中止該興辦計畫，並依行政程序法等規定廢止該興辦計畫及補償被上訴人損失，逕予抵制中央主管機關所欲執行重大建設，對自己已核發之系爭水保計畫消極不履行，反以系爭函自行認定系爭水保計畫及107年許可證已失效，否准被上訴人106年5月15日之申請，自非適法，訴願決定未予糾正，亦有違誤，被上訴人訴請撤銷，為有理由，應予准許。至被上訴人請求臺南市政府或上訴人應就其申請，依系爭水保計畫（第1期）核發具備完整之施工範圍及完工期限（360天）之水土保持施工許可證乙節，因臺南市政府並非事務管轄機關，此部分請求為無理由，應予駁回。上訴人固為有權管轄機關，但被上訴人申請時未提出興辦計畫書，應命其補正；且系爭水保計畫應核發之施工天數，有賴水土保持主管機關會同施工及監工單位現場履勘確認；另龍崎開發案所在地是否因有公告確定之自然地景處分存在，致被上訴人應先依審監辦法第19條辦理變更系爭水保計畫之設計，尚非明確，爰依行政訴訟法第200條第4款規定，命上訴人應依原判決之法律見解，另為適法之處分等語，資為論據。四、本院查：
㈠首
按「行政法院對於人民依第5條規定請求應為行政處分或應為特定內容之行政處分之訴訟，應為下列方式之裁判：……三、原告之訴有理由，且案件事證明確者，應判命
行政機關作成原告所申請內容之行政處分。四、原告之訴雖有理由，惟案件事證尚未臻明確或涉及行政機關之
行政裁量決定者，應判命行政機關遵照其判決之法律見解對於原告作成決定。」行政訴訟法第200條第3款、第4款定有明文。是關於課予義務訴訟之裁判方式，當原告之訴有理由時，法院應依其情形分別適用上開規定方式而為判決。如法院依其中第4款方式裁判者，雖於主文併
諭知原告其餘之訴駁回，惟因其係針對單一課予義務訴訟所為之裁判，在事務本質上屬單一裁判權之行使，而具有裁判上不可分之性質，當事人就原審判決不利於己之部分提起上訴時，上訴審法院基於單一課予義務訴訟具有裁判上一致性及單一裁判權之行使，而具有裁判上不可分之理由，仍應就事件之全部
予以審酌。本件被上訴人
於106年5月15日向上訴人申請系爭水保計畫之施工許可證，經上訴人以系爭函予以回復，未准許被上訴人所請，被上訴人乃循序提起行政訴訟，以上訴人及臺南市政府為被告，請求撤銷訴願決定及系爭函，並命上訴人或臺南市政府應就被上訴人於106年5月15日所為申請，依系爭水保計畫（第1期）核發具備完整之施工範圍及完工期限（360天）之水土保持施工許可證予被上訴人，即係提起課予義務訴訟。原審依行政訴訟法第200條第4款規定方式而判決：
一、訴願決定及原處分（系爭函）均撤銷。二、上訴人就被上訴人於106年5月15日所為之申請，應依原判決之法律見解另為適法之處分。三、被上訴人其餘之訴駁回。關於原判決駁回被上訴人對臺南市政府之起訴部分，未據被上訴人
聲明不服，業已確定；至
原判決就被上訴人在第一審對上訴人之起訴，依行政訴訟法第200條第4款方式判決，於主文第3項雖諭知被上訴人其餘之訴駁回，而有利於上訴人，惟因原判決是針對單一課予義務訴訟所為判決，在事物本質上仍屬單一裁判權之行使，具有裁判上不可分之性質，故上訴人雖僅就不利部分上訴，然依前述說明，其上訴效力應及於全部（即包含被上訴人對上訴人其餘之訴駁回部分），本院應就被上訴人對上訴人所提課予義務訴訟事件全部為審理，合先敘明。 ㈡次按所謂行政處分，依
行政程序法第92條第1項及訴願法第3條第1項規定，係指中央或地方機關就公法上具體事件所為之決定或其他
公權力措施而對外直接發生
法律效果之單方
行政行為而言。又「行政機關行使公權力，就特定具體之
公法事件所為對外發生法律上效果之
單方行政行為，皆屬行政處分，不因其用語、形式以及是否有後續行為或記載不得聲明不服之文字而有異。若行政機關以通知書名義製作，直接影響人民權利義務關係，且實際上已對外發生效力者，如以仍有後續處分行為，或載有不得提起訴願，而視其為非行政處分，自與憲法保障人民訴願及訴訟權利之意旨不符。」業經司法院釋字第423號解釋闡述甚明。又對人民之請求是否為准駁，不應拘泥於公文書使用之文字，而應探求行政機關之真意。經查，被上訴人於106年5月15日依審監辦法第22條規定，檢附經濟部106年3月10日函及相關申請文件向上訴人申請系爭水保計畫之施工許可證，前經臺南市政府核發106年許可證，被上訴人就該許可證准許施工之項目不服，提起訴願，經農委會訴願決定將臺南市政府駁回申請部分撤銷，責由臺南市政府於2個月內另為適法之處分。臺南市政府嗣於107年12月14日核發107年許可證，核定施工期限至108年3月10日止，並撤銷106年許可證，被上訴人對107年許可證核定之預定完工期限不服，再次提起訴願，經農委會於108年9月12日將107年許可證關於核定預定完工期限之部分撤銷，責由臺南市政府於2個月內另為適法之處分。其後，上訴人以系爭函回復被上訴人
略以：經濟部106年3月10日函核發之輔導設置文件已於108年3月10日屆期失效，依審監辦法第35條之1第3款及第31條之1第4款規定，系爭水保計畫及107年許可證於108年3月10日一併失其效力
等情，為原審確認之事實，核與卷內證據相符。是系爭函乃上訴人針對被上訴人於106年5月15日申請核發水土保持施工許可證一事所為回復，既未准許被上訴人所請，實質上即已為否准之表示，核係上訴人就公法上具體事件所為之決定而對外已直接發生法律效果之行政處分。原判決認系爭函實質上確有否准被上訴人申請核發水土保持施工許可證之意思表示，對被上訴人法律上之權利義務產生規制作用，應屬行政處分，被上訴人對系爭函不服，循序提起本件課予義務訴訟，程序上並無不合，核無違誤。上訴意旨主張：系爭函僅係重申系爭水保計畫已因欠缺目的事業主管機關所核發且現仍有效之開發或利用許可文件而失其效力，被上訴人倘欲繼續辦理龍崎開發案，應依法將水土保持計畫或簡易水土保持申報書送審之意旨，並未對外發生權利義務變動之法律效果，僅屬「觀念通知」
而非行政處分，原判決認定系爭函為否准被上訴人申請之行政處分，被上訴人得對之提起課予義務訴訟，自屬違背法令，應予廢棄云云，並非可採。
㈢再按水土保持法第2條規定：「本法所稱主管機關：在中央為行政院農業委員會；在直轄市為直轄市政府；在縣 (市) 為縣 (市) 政府。」係我國習見以最高行政機關代替
行政主體之立法模式，其規範意義應解為「直轄市」與「縣（市）」
公法人本身，即僅在表明相關
地方自治團體有其管轄權限，而不應認其係限定直轄市政府或縣（市）政府為主管機關，故無論是自治事項之確認或
委辦事項之規定，其均屬「地方
自治團體之權限」，取得團體權限之地方自治團體，得基於自主組織權，決定其內部執行機關（本院103年2月份第1次庭長法官聯席會議決議
參照）。另按「地方自治團體在受憲法及法律規範之前提下，享有自主組織權及對自治事項制定規章並執行之權限。地方自治團體及其所屬機關之組織，應由地方立法機關依中央主管機關所擬訂之準則制定組織自治條例加以規定，復為地方制度法第28條第3款、第54條及第62條所明定。」為司法院釋字第527號解釋闡述甚明。準此，法律所定地方主管機關為直轄市政府之規定，並非專指直轄市政府該機關，而是規範直轄市該地方自治團體有管轄權，基此團體管轄之概念，直轄市應以何名義對外執行法律規定之事務，及應設哪一機關辦理該項業務，為直轄市地方自治團體之自治權。此種由地方自治團體基於自主組織權，透過組織法規將管轄權設定予所屬下級機關，將權限交由下級機關辦理，乃依據行政程序法第11條第1項規定所為權限劃分，被劃歸權限之機關即因而取得處理事務之權限，
無庸再依行政程序法第15條第1項規定，透過權限委任始得行使有關職權。依
臺南市政府組織自治條例第11條第1項第7款及第2項規定：「（第1項）本府設下列一級機關：……七、水利局。（第2項）本府所屬一級機關之組織規程另定之。」上訴人為臺南市政府獨立之
一級行政機關。另依臺南市政府組織自治條例第11條第22項規定授權，於101年2月22日修正發布之上訴人組織規程第3條第5款：
｢本局設各科、室，分別掌理下列事項：……水土保持工程科：山坡地水土保持管理與宣導、土石流潛勢溪流防治與坡地防災管理，山坡地邊坡崩塌防治、野溪疏通、水土保持處理、維護工程、濱海沙灘、沙洲緊急復育工程之施工、管理及履約督導等事項。｣ 第11條：「本局分層負責明細表分甲表及乙表，甲表由本局擬訂，報請本府核定；乙表由本局訂定，報請本府備查。」及上訴人分層負責明細表(甲表)：「水土保持工程科：……二、水土保持相關計畫：一、山坡地開發水土保持計畫審核及施工許可證完工證明之核發。由承辦人擬辦、科長／主任審核、局長核定。｣等規定，有關臺南市轄區內山坡地開發水土保持施工許可證完工證明之核發，依其團體權限及自主組織權，係劃歸上訴人掌理之權責事項，從而，上訴人自屬有權以
自己名義作成行政處分之權責機關。是原判決以臺南市政府基於地方政府之自主組織權及團體管轄權限，已將臺南市轄內關於山坡地水土保持管理及宣導等相關事務，劃歸上訴人管轄，故上訴人具有核發系爭水保計畫施工許可證之事務管轄權限，亦無不合。 ㈣復按：
⒈水土保持法第12條第1項第4款、第2項規定：「（第1項）水土保持義務人於山坡地或森林區內從事下列行為，應先擬具水土保持計畫，送請主管機關核定，如屬依法應進行環境影響評估者，並應檢附環境影響評估審查結果一併送核：……四、……處理廢棄物或其他開挖整地。……（第2項）前項水土保持計畫未經主管機關核定前，各目的事業主管機關不得逕行核發開發或利用之許可。」第14條之1第2項規定：「第12條規定擬具之水土保持計畫、水土保持規劃書或簡易水土保持申報書，其內容、申請程序、審核程序、實施監督、水土保持施工許可證之發給與廢止、核定施工之期限、開工之申報、完工之申報、完工證明書之發給及水土保持計畫之變更等事項之辦法，由中央主管機關定之。」農委會依水土保持法第14條之1第2項授權訂定之審監辦法第22條第1項、第2項規定：「（第1項）水土保持義務人應於水土保持計畫核定後3年內，向主管機關申報開工，並於申報開工前，檢附下列資料，向主管機關申領核發水土保持施工許可證：一、目的事業主管機關核准開發或利用許可文件。二、水土保持計畫核定本。……（第2項）主管機關核發水土保持施工許可證時，應同時核定施工期限或各期施工期限，並檢還前項第1款及第2款文件。」第31條之1第4款規定：「下列情形之一者，自發生之日，原
審定或核定水土保持規劃書、水土保持計畫或簡易水土保持申報書失其效力，其已核發水土保持施工許可證及完工證明書者，一併失其效力：……四、區域計畫委員會或目的事業主管機關不同意核發開發或利用許可，或其開發或利用許可廢止或已失效力。……」第35條之1第3款規定：「本辦法中華民國103年12月25日修正施行前已審定、核定之水土保持規劃書、水土保持計畫或簡易水土保持申報書，有下列情形之一者，應依第31條之1規定辦理：……三、符合第31條之1第3款、第4款或第5款情形。」
是以，人民在山坡地設置廢棄物處理設施，應先擬具水土保持計畫，送請主管機關核定，繼於水土保持計畫經核定後3年內，檢附目的事業主管機關核准開發或利用許可文件及水土保持計畫核定本等文件，向主管機關申領核發水土保持施工許可證。惟如目的事業主管機關所核發開發或利用許可業經廢止或失效，原核定之水土保持計畫及已核發之水土保持施工許可證，均併失其效力，水土保持施工許可證之申請，即無從准許。
⒉次按90年10月24日修正公布之廢棄物清理法（下稱廢棄物清理法）第28條第1項第3款第3目、第4項規定：「（第1項）事業廢棄物之清理，除再利用方式外，應以下列方式為之：……三、委託清除、處理：……㈢委託目的事業主管機關自行或輔導設置之廢棄物清除處理設施清除、處理。……。……（第4項）第1項第3款第3目所輔導設置之廢棄物清除處理設施應具備之專業技術人員設置、營運、操作紀錄與其他應遵行事項之管理辦法，由中央目的事業主管機關會商相關機關定之。」第41條第1項第5款規定：「從事廢棄物清除、處理業務者，應向直轄市、縣（市）主管機關或中央主管機關委託之機關申請核發公民營廢棄物清除處理機構許可文件後，始得受託清除、處理廢棄物業務。但有下列情形之一者，不在此限：……五、第28條第1項第2款、第3款第2目至第5目、第4款之清除機具、處理設施或設備。」經濟部依廢棄物清理法第28條第4項授權訂定之輔導設置辦法第4條規定：「經濟部輔導設置事業廢棄物清除處理設施，應依下列程序辦理：一、評估國內事業廢棄物處理需求，擬訂執行計畫報經行政院核定。二、依前款核定計畫，指定或遴選具意願、專業能力及相關經驗，且廠（場）址區位條件合適之公民營機構投資設置。三、就同意輔導之事業廢棄物清除處理設施，發給其營運機構輔導設置文件。」第5條規定：「前條第3款之輔導設置文件應記載事項如下：一、營運機構名稱及地址。二、組織。三、營運機構負責人姓名及身分證明文件字號。四、營業項目。五、清除、貯存、處理廢棄物之種類、數量及處理方法。六、事業廢棄物清除處理設施設置地點。七、其他經經濟部指定者。」第7條規定：「營運機構應依輔導設置文件之內容設置事業廢棄物清除處理設施，並於設置完成後依本辦法規定營運之。」從而，由經濟部依輔導設置辦法第4條規定發給輔導設置文件之營運機構，得據以設置事業廢棄物清除處理設施，並於設置完成後依輔導設置辦法規定營運，屬廢棄物清理法第41條第1項但書所定無須申經該法主管機關核發公民營廢棄物清除處理機構許可文件，即得受託清除、處理廢棄物業務之例外情形。是經濟部依前揭輔導設置辦法規定發給營運機構之輔導設置文件，具有與廢棄物清理法主管機關所核發廢棄物清除處理機構許可文件同等之效果，於該廢棄物清除處理設施位於山坡地之情形，該輔導設置文件即屬前揭審監辦法第22條第1項第1款所稱目的事業主管機關核准開發或利用許可文件，應由營運機構於申請核發水土保持施工許可證時提出。
⒊經查：
⑴行政院為因應國內特殊事業廢棄物處理處置設施之需求，於90年1月17日核定「全國事業廢棄物管制清理方案」，明定關於有害事業廢棄物之處理及最終處置設施之規劃設置。經濟部嗣擬具「全國整體性特殊事業廢棄物清理計畫」，該計畫籌設南區特殊事業廢棄物綜合處理中心，於龍崎工廠輔導設置南區處理中心，原由龍崎工廠及榮工公司擬具前興辦計畫書，經經濟部同意核備，其後因龍崎工廠與民間合資成立被上訴人，被上訴人乃修訂興辦計畫書，送請經濟部於98年7月29日原則同意，經濟部並於99年2月10日核發輔導設置文件予被上訴人及榮工公司。被上訴人另就該位於山坡地之開發案擬具系爭水保計畫，經改制前臺南縣政府於99年6月10日核定，嗣該府於99年9月14日及臺南市政府於103年10月6日先後核發之水土保持施工許可證，被上訴人均因屆期未完工而繳回。又經濟部因榮工公司退出開發案，於104年5月12日核發104年輔導設置文件予被上訴人，其後以臺南市政府尚未重新核發水土保持施工許可證，南區處理中心可能不及於106年5月屆期前完成設置，復以106年3月10日函，另對被上訴人核發南區處理中心變更輔導設置文件，並說明被上訴人應自發文次日起2年內完成設置，及104年輔導設置文件自發文次日起停止適用等情，為原審確定之事實。是以，被上訴人係由經濟部依行政院核定之方案及經濟部擬定之清理計畫，輔導設置南區處理中心之民營機構，並由經濟部依輔導設置辦法第4條規定發給輔導設置文件，依上說明，該輔導設置文件即為被上訴人依據已核定之系爭水保計畫申請水土保持施工許可證時，應檢附之目的事業主管機關許可開發文件。
⑵原判決雖以：審監辦法第6條及第22條乃多階段行政程序之前後程序關係，即水土保持義務人需先取得水土保持主管機關核發之水保計畫，繼之再向同一主管機關申請施工許可後始得開工，水土保持主管機關依審監辦法第6條規定審核應否核定水土保持計畫時，既要求水土保持義務人依該條第1項第1款規定，提送由目的事業主管機關受理水土保持義務人開發之申請文件，其後續依同辦法第22條規定審查水土保持義務人提送之目的事業主管機關核准開發或利用許可文件，就不可能異於水土保持計畫審核時，所提送目的事業主管機關許可開發之申請文件。改制前臺南縣政府99年6月10日函核定之系爭水保計畫所載本件依審監辦法第6條第1項第1款規定應提出之目的事業主管機關許可開發申請文件，為修訂興辦計畫書，故被上訴人就本件申請案，依審監辦法第22條第1項第1款規定應提出之目的事業主管機關核准開發或利用許可文件，應為修訂興辦計畫書，至經濟部核發之輔導設置文件，必先通過興辦計畫書後始行核發，性質上係屬興辦計畫之附隨文件，隨興辦計畫之變動而變更其內容等語。惟按審監辦法第6條第1項：「水土保持義務人應依中央主管機關規定格式，擬具水土保持計畫或簡易水土保持申報書6份及主管機關要求抄件份數，並檢附下列文件，由目的事業主管機關受理後，送請主管機關審核：……」係規定水土保持義務人在申請核定水土保持計畫階段，應檢附文件，與同辦法第22條第1項係規定水土保持計畫經核定後，水土保持義務人續為申請水土保持施工許可證時，應提出供核之文件，二者規範事項不同。且審監辦法第6條第1項第1款所定「目的事業開發或利用之『申請文件』」，與第22條第1項第1款規定之「目的事業主管機關『核准』開發或利用許可文件」，由各自文義即可知悉二者有別，即前者係就開發利用行為申請許可之文書，後者則係足以證明開發或利用行為業經目的事業主管機關核准之文件。於本件情形，被上訴人係由經濟部依行政院核定之「全國事業廢棄物管制清理方案」及該部擬具之「全國整體性特殊事業廢棄物清理計畫」，輔導設置事業廢棄物清除處理設施，其程序係按輔導設置辦法第4條第1款至第3款規定依序進行。經濟部對於被上訴人所擬修訂興辦計畫書予以審核，旨在確認被上訴人是否為輔導設置辦法第4條第2款所稱「具意願、專業能力及相關經驗，且廠（場）址區位條件合適之公民營機構」，符合依該款規定指定或遴選為事業廢棄物清除處理設施營運機構之資格，其審查結果係回復被上訴人原則同意修訂興辦計畫書內容，並無准許被上訴人依修訂興辦計畫書設置事業廢棄物清除處理設施之表示，直至經濟部依同條第3款規定發給輔導設置文件後，因該文件依輔導設置辦法第7條規定所生效力，被上訴人始得據以設置事業廢棄物清除處理設施而為營運。從而，經濟部核發之輔導設置文件方為審監辦法第22條第1項第1款所謂「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」。原判決依據被上訴人申請核定系爭水保計畫時，於水土保持計畫檢核表上記載依審監辦法第6條第1項第1款應提出之目的事業開發或利用之申請文件，為經濟部98年7月29日函原則同意之修訂興辦計畫書，認定被上訴人本件水土保持施工許可申請，依同辦法第22條第1項第1款規定應提出之「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」，即為修訂興辦計畫書，經濟部106年3月10日函核發之輔導設置文件僅屬附隨性質，乃將審監辦法第6條第1項第1款所定「申請文件」與第22條第1項第1款所定「核准」或「許可」文件之意涵相互混淆，自有適用法規不當之違法。
⑶又按行政程序法第93條規定：「（第1項）行政機關作成行政處分有
裁量權時，得為附款。無裁量權者，以法律有明文規定或為確保行政處分法定要件之履行而以該要件為附款內容者為限，始得為之。（第2項）前項所稱之附款如下︰一、期限。二、條件。……。」
行政處分之附款，並非謂行政機關必須在文字上表明其為附款
始足當之。且附款之認定宜適用對意思表示解釋之法則，探求其真意而不拘泥於所使用之文字。經濟部以106年3月10日函對被上訴人核發輔導設置文件，屬於授益性質之
裁量處分，該函先於說明第二項敘明：該部前以104年5月12日函核發之104年輔導設置文件，因臺南市政府尚未重新核發水土保持施工許可證，可能不及於106年5月屆期前完成設置，惟事業廢棄物掩埋場之興建有其必要性，因而變更輔導設置文件，繼於說明第三項㈠至㈦，將輔導設置辦法第5條各款所列輔導設置文件應記載事項逐一載明，其中㈦「其他事項」之末句並記載「自發文次日起2年內完成設置」等語，雖未使用條件或期限等文字，惟依其文義，所謂「2年內完成設置」，似有解釋為期限（即經濟部106年3月10日函核發之輔導設置文件有效
期間，自該函發文次日起算2年）或解除條件（即被上訴人如未於經濟部106年3月10日函發文次日起算2年內，完成南區處理中心設置，輔導設置文件即因解除條件成就而失其效力）之可能性。原審雖援引經濟部於110年8月10日及11月19日函復其詢問事項之部分內容，即廢棄物清理法第28條第4項並無授權該部於子法訂定相關許可、許可期限、廢止等事項之規範，是以輔導設置辦法僅規定目的事業主管機關就同意輔導之事業廢棄物清除處理設施發給輔導設置文件等語，認為經濟部未經法律授權就輔導設置文件訂定期限，該部106年3月10日函所載2年完成設置之註記，性質上僅係訓示規範，要求開發單位不要無故延宕工程施作而已，進而認定上訴人以經濟部106年3月10日函因所附2年期限已屆至為由，以系爭函通知被上訴人：系爭水保計畫及107年許可證因輔導設置期限屆期而一併失效，未核發水土保持施工許可證予被上訴人，乃於法有違。惟依卷附上開經濟部110年8月10日及11月19日函文所示，原審當時向該部所詢問題為：經濟部依輔導設置辦法對事業發給之輔導設置文件，是否僅表示經濟部同意輔導事業設置廢棄物清除處理設施，而非水土保持法及相關子法所稱目的事業主管機關之開發或利用許可文件？及被上訴人興辦南區處理中心之過程中，是否仍須依輔導設置辦法，向該部申請輔導設置許可文件？其申請程序係建照或雜項執照申請前？抑或
使用執照取得以後為之？（原審卷3第359、375、399、509、523、524頁）故經濟部上開函復內容，並非針對該部於106年3月10日函說明第三項㈦記載「自發文次日起2年內完成設置」等字句之意義與法律上之定性為何，所作說明。原審未自經濟部106年3月10日函本身之整體文義觀察而為解釋，或進一步向經濟部查明所謂「2年內完成設置」，其真意是否係依行政程序法第93條規定附加期限或條件等附款？另被上訴人如未於該函發文次日起2年內完成南區處理中心之設置，將發生如何之法律效果？逕以經濟部110年8月10日及11月19日就其他事項之函復內容為據，認定該部106年3月10日函關於2年設置完成之註記，僅屬訓示規範，故該輔導設置文件仍持續生效，系爭水保計畫及107年許可證亦無併予失效情事，上訴人以系爭函否准被上訴人本件申請，係屬違法，容嫌速斷，並有不適用行政訴訟法第125條第1項、第133條應
依職權調查規定之違背法令。
五、
綜上所述，原判決除確定部分（即駁回被上訴人對臺南市政府起訴部分）外，既有前述違背法令情事，
且足以影響裁判之結果，上訴人求予廢棄，為有理由。並因本件
事證尚有未明，本院無從自為判決，爰將原判決除確定部分外廢棄，發回原審高等行政訴訟庭另為適法之裁判。另就經濟部106年3月10日函說明第三項㈦所載「自發文次日起2年內完成設置」之性質及效力問題，原審於調查時，倘認經濟部有輔助參加之必要時，亦得依行政訴訟法第44條第1項規定，命經濟部參加訴訟，併予指明。
六、據上論結，本件上訴為有理由。依行政訴訟法第256條第1項、第260條第1項，判決如主文。
中 華 民 國 112 年 12 月 28 日
最高行政法院第四庭
審判長法官 曹 瑞 卿
法官 許 瑞 助
法官 王 俊 雄
法官 侯 志 融
法官 鍾 啟 煒
以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異
中 華 民 國 112 年 12 月 28 日
書記官 廖 仲 一